PFGE é uma das técnicas mais utilizadas para análise de identificação de linhagens, bacterianas, fúngicas e de protozoário devido ser um método derivado da eletroforese convencional do DNA em gel de agarose, sendo a principal diferença a mudança repetida da orientação do campo elétrico. Esta mudança provoca o re-arranjo da estrutura conformacional da molécula, permitindo a sua migração no gel e a agarose mantém as moléculas de DNA intactas e ao mesmo tempo permite e difusão de detergente e protease. Esta movimentação obedece ao seguinte princípio: quando um campo elétrico é aplicado ao gel, as moléculas de DNA se alongam na direção do campo e migram no gel. Quando o primeiro campo é removido e um segundo é aplicado em relação ao primeiro, a molécula de DNA deve mudar sua conformação e re-orientação antes que ela possa migrar na direção do segundo campo elétrico O tempo necessário para que essa re-orientação ocorra é proporcional ao peso molecular do fragmento, sendo a re-orientação das moléculas maiores mais demoradas que a das moléculas menores. Existem Diversos equipamento no mercado, que empregam o campo pulsante, sendo que eles apresentam variações na geometria do campo elétrico.
Aplicam-se a PFGE em situações epidemiológicas, de doenças re- emergentes, (Exemplo: KPC, Tuberculose) Em que permite a caracterização e comparação molecular entre as cepas e se foi causada por uma infecção da comunidade ou por um agente patogênico nosocomial, consegue verificar se os responsáveis pelo surto são do mesmo clone ou são de clones diferentes se o cada paciente adquiriu a bactéria separadamente ou se receberam uma mesma bactéria de um mesmo local visando auxiliar em medidas racionais para controle a disseminação do microrganismo.
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